Du 5 au 28 mai, le laboratoire TRACES de l’UQTR, dirigé par le professeur Emmanuel Milot, et spécialisé dans l’analyse d’ADN ancien (ADNa)[1], a collaboré avec l’Université McGill et l’Université de Montréal (UdeM) dans le cadre de sa toute première École de fouilles en bioarchéologie humaine[2]. Tenue sur le site de l’ancien cimetière paroissial du Sault-au-Récollet, à Montréal, cette activité a bénéficié d’un financement du programme développement Savoir du CRSH accordé à la professeure Isabelle Ribot, bioanthropologue à l’UdeM. L’École de fouilles était dirigée par Mme Ribot et par Jean-Christophe Ouellet, archéologue et responsable des écoles de fouille à l’UdeM, en étroite collaboration avec Patrick Goulet, coordonnateur de la paroisse, ainsi qu’avec la professeure Diane Martin-Moya, du Département d’anatomie de l’UQTR. Les travaux ont permis de poursuivre l’étude d’un cimetière dont la période d’utilisation s’est étendue de 1750 à 1877.
Un maillage interuniversitaire pour l’étude des populations passées au Québec
Cette initiative s’inscrit dans le développement du maillage interuniversitaire dédié à l’étude des populations historiques au Québec en contribuant à soutenir la formation d’une relève de bioarchéologues et de paléogénéticiens[3]. Dans un premier temps, l’approche visait à intégrer diverses pratiques d’échantillonnage à même le site de fouilles. Dans un deuxième temps et au-delà des diverses techniques enseignées, l’École de fouille visait à rapprocher deux expertises complémentaires de plus en plus amenées à travailler de concert et pour lesquelles les enjeux varient considérablement : l’archéologie et la paléogénétique. D’une part, l’équipe de généticiennes de l’UQTR, sous la direction du professeur Milot, a pu être sensibilisée aux réalités de la fouille de terrain, et à ce qu’impliquent les exhumations de sépultures. D’autre part, les étudiantes en archéologie ont été introduites aux exigences bien particulières qu’imposent les analyses d’ADN ancien, notamment en matière de précautions contre la contamination[4] et de qualité des prélèvements. Effectivement, étant donnée la nature fragile et rarissime de l’ADN ancien, un simple postillon ou la présence d’une cellule cutanée provenant des chercheurs pourrait nuire à l’interprétation des résultats génétiques. Il apparaît donc primordial que les acteurs en amont des analyses génétiques soient conscients des gestes qui pourraient compromettre les analyses ultérieures en laboratoire.
Les prélèvements et l’éthique
Dans une optique exploratoire et pour mettre en évidence les risques de la contamination, des prélèvements de sols avoisinant les corps ont été prélevés par les étudiantes dans des conditions variables allant de la contamination volontaire, au comportement dépourvu de précaution, puis au port d’équipement de protection ainsi qu’au nettoyage consciencieux des instruments. Pourquoi cibler des prélèvements de sols au lieu des ossements humains pour le volet génétique? Les analyses génétiques menées à partir de tissus osseux étant partiellement destructives, les universités voulaient évaluer dans quelles mesures il était possible de récupérer de l’ADN ancien à l’aide de méthodes moins invasives, telles que via l’étude des sols, qui aide notamment à la compréhension du milieu de décomposition[5]. Il va sans dire que des considérations éthiques importantes sont inhérentes à tout travail de recherche impliquant des restes humains. L’initiative aimerait donc ouvrir la voie à la création d’un espace interdisciplinaire d’échange et de réflexions sur ces enjeux allant des implications culturelles à l’altération des morts. Particulièrement dans des contextes historiques et coloniaux comme celui-ci, une pratique éthique informée prône de prendre en considération la provenance des individus, l’histoire du site et les communautés concernées. Dans le cas de cette fouille et en raison de la présence de traces d’occupations autochtones (p. ex. divers artéfacts qui témoignent d’échanges avec les communautés autochtones) sur le site de l’église de la Visitation-de-la-Bienheureuse-Vierge-Marie, les communautés autochtones ont été avisées des démarches scientifiques. S’il advenait que des restes humains soient suspectés d’être d’origine autochtone, les fouilles seraient arrêtées. De plus, la direction des fouilles assure une réinhumation respectueuse et en accord avec les traditions des communautés à la suite des analyses menées sur les restes humains.
Des truelles aux micropipettes
En plus de l’excavation et de l’analyse des sépultures, les étudiantes ont été initiées à des protocoles de prélèvement adaptés à l’ADN métagénomique, qui vise à étudier l’ensemble du matériel génétique dans les sols pour mieux comprendre le contexte d’enfouissement et de décomposition des sépultures mises au jour durant la fouille. Combinée à l’utilisation de séquençage de troisième génération qui repose sur des technologies à nanopores, le MinION (Oxford Nanopore Sequencing)[6], les étudiants ont pu être initiés à toute la chaîne opératoire des analyses métagénomiques de l’extraction des échantillons de sols à la production de résultats.
En collaboration avec l’Université McGill, les étudiantes en bioarchéologie participent au séquençage des échantillons de sols prélevés à même le site de fouille. Elles sont supervisées par la professeure Martin-Moya, Kariane Larocque et Camille Julien, chercheuses biologistes au laboratoire TRACES, ainsi que par le doctorant Benjamin Kaufman (McGill). (Photo: Diane Martin-Moya)
En combinant les analyses archéologiques et les approches moléculaires dès l’étape des fouilles, le partenariat interinstitutionnel contribue à la formation des futures générations et ouvrons la voie à la recherche dans cette discipline au Québec pour renforcer nos connaissances sur l’histoire des populations passées. Nous sommes fiers de participer à la formation d’une relève capable d’exploiter le plein potentiel des analyses génétiques tout en assurant une interprétation intégrée des données biologiques, archéologiques et contextuelles.
Glossaire :
[1] ADN ancien (ADNa)
ADN issu de restes biologiques ou de traces laissées dans l’environnement au fil du temps. De manière caractéristique, l’ADNa est présent en faible quantité, est fragmenté et est particulièrement sensible à la contamination par de l’ADN moderne (issu de matériel biologique récent).
[2] Bioarchéologie humaine
Étude des restes humains provenant de contextes archéologiques qui vise à mieux comprendre les populations du passé, leurs modes de vie et leur environnement. Elle s’intéresse à la fois aux informations archéologiques et biologiques.
[3] Paléogénétique
Discipline consacrée à l’étude de l’ADN issu d’organismes du passé.
[4] Contamination génétique
Introduction involontaire d’ADN exogène (autre que l’ADN cible) dans un prélèvement, par exemple lors des analyses bioarchéologiques et ostéologiques.
[5] ADN environnemental (ADNe)
ADN retrouvé dans l’environnement n’incluant pas le prélèvement direct sur un organisme/reste humain. Par exemple, l’ADN en provenance des sols.
[6] MinION
Petit appareil de séquençage portatif permettant de lire des molécules d’ADN et de produire rapidement des données génétiques.
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Pour en savoir plus sur le laboratoire TRACES : Le laboratoire TRACES : faire parler l’ADN ancien
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Pour en savoir plus sur l’École de fouilles bioarchéologiques : https://nouvelles.umontreal.ca/article/2026/07/30/un-cimetiere-livre-encore-ses-secrets-au-sault-au-recollet#partager
